企业作为一个微观经济主体，在市场竞争中通过对要素价格、中间产品等各项投入产出的成本收益分析，来决策企业投资、创新、研发等各项生产行为。由于外部性与市场失灵的存在，政府常常通过补贴的形式给予企业转移支付以优化资源配置效率，促进市场的有效竞争和持续创新。
    政府补贴的初衷是期望通过补贴这一财富再分配手段，来提高市场主体在资源配置中的效率。好的再分配政策能够提升市场竞争程度，并最终实现全社会效率与福利的提升，反之则会造成资源配置的扭曲，产生社会效率和福利的损失。政府补贴对于受惠的企业而言，会产生收入效应或替代效应。收入效应来自于普惠性的补贴政策，或降低市场外部性的补贴政策，能对企业产生积极的资源配置效果。如政府对创新、环保的补贴，提高了企业R&D的投入，降低了外部性的影响，进而提升生产率水平，通过信号显示机制降低了企业与市场间的信息不对称程度，降低企业融资的难度与成本。替代效应来自于对特定企业、部门或行业不公平的专向性补贴，改变了中间品和最终产品的相对价格，影响了市场价格的正常信号作用，因而对资源配置产生了扭曲。
    在已有的实证研究当中，由于研究对象、微观数据的获取及研究方法的选择差异，政府补贴对于创新的作用存在争议。部分研究支持了补贴能够促进企业创新。在这类研究中，政府补贴主要通过增加中小企业的自有研发支出，以激励企业进行创新活动。基于爱尔兰制造业企业的数据，Lach（2002）发现政府资助有助于增加国内中小企业的研发支出；基于西班牙的制造业企业研究发现（2008），当企业缺乏政府支持时，部分企业甚至停止研发，且这一效应在小企业更为显著，王俊和白俊红（2011）基于行业面板数据，证明研发补贴对于企业研发支出存在激励效应；陈玲、杨文辉（2016）基于中国上市公司的数据，得出政府补贴政策整体有益于提升企业创新投入。但另外部分文献表明，政府补贴一定程度上对创新存在抑制作用，这一抑制作用主要体现为政府补贴的挤出效应。基于美国小企业创新项目（SBIR）的数据分析表明，政府资助由于挤出企业自身研发开支，使得企业减少自有研发投入；部分研究进一步提出，政府补贴存在适度区间，过高或者过低的政府补贴强度均不利于企业创新。基于德国制造业企业的数据分析表明，政府补贴与企业研发强度呈现“U”型关系，在达到阈值前政府补贴存在替代效应。
    企业接受政府补贴后的行为，在不同行业与企业类型之间存在着异质性的差异。黎文靖和郑曼妮（2016）将这种差异区分为“实质性创新”和“策略性创新”，认为部分企业在产业政策的影响下并未将政府投入的资源投入到发明这一实质性创新活动当中，而是迎合政府制造了大量的非发明型专利，选择了策略性创新。杨洋等（2015）的研究表明，不同所有制和不同区域的企业在利用政府补贴进行创新活动的行为上存在异质性的差异。国有企业的预算软约束问题及独立法人治理结构的缺失，使得国有企业与民营企业在利用政府补贴时出现效率的差异。市场化程度的区域性差异，使得政府补贴对企业创新的激励作用存在差异。