福建医科大学生物信息学系成立于2012年，2013年开始招收生物信息学专业本科生，2016年获批生物信息学专业硕士学位授权点， 2017年获批生物信息学专业学士学位授权点，2022年获批福建省一流本科专业，2023年获批生物医学大数据微专业。学系建有“福建省高校医学生物信息学重点实验室”，“福建省生物信息学专业实验教学示范中心”和福建省“高等学校服务产业特色专业”等平台。

学系办学条件优异，建有本科专业专用微机实验室3个、研究生微机实验室4个、高性能服务器室及高通量生物芯片检测实验室各1个，及校外实践基地1个，同时和新加坡国立大学开展了3+1+1联合培养计划。

学系现有专任教师11人，具有博士学位比例教师达90%。其中教授2人，副教授5人，博士生导师2名，硕士生导师8名，拥有闽江学者特聘教授1人，闽江学者讲座教授3人，福建省高层次B类人才1人，C类人才3人，福建省高校杰出青年科研人才1人，客座教授3人，另有教科辅2人，师资力量雄厚。

教师指导本科生获国家级大创项目6项、省级大创项目11项，在省级以上比赛中获奖15项，本科生作为第一作者发表SCI论文13篇。教师获批各级教改项目6项，获福建省新工科教育优秀案例1个，参编国家级规划教材1部，参与国家级虚拟仿真项目1项；获国家自然科学基金8项，累积发表SCI论文112篇(其中JCR一区论文45篇)，获国家发明专利1项，软件著作权2项，以及省级优秀学位论文3篇，教学科研成果颇丰。学系作为福建省内最大规模的生物医疗大数据团队，长期为省内主要医疗机构提供生物信息大数据咨询服务。

学系在本科生、硕士研究生、博士研究生培养方面积累丰富经验，已累计培养硕、博士毕业生70名，本科毕业生225名，其中本科毕业生升学率达60%以上，并获评“福建省青年五四奖章”、福建省教科文卫体系统“五一先锋号”、福建医科大学“文明学系”等荣誉称号，是福建省生物信息学专业人才培育的重要基地。