战略性贸易政策理论也面临一些质疑。首先，规模经济和不完全竞争是新干预主义的理论基础，但不少实证研究表明这个理论基础并不成立（lee ，1992；Tyboutand Westbrook ，1992；Beason and Weinstein，1996）。其次是操作上的困难。战略性贸易政策理论中给出的博弈模型，都假设政府完全知道所有的市场信息以及企业的博弈模式，实际上政府是不可能做到这一点的，严重信息制约条件下，政府采取战略性贸易政策可能导致相反的效果。第三是寻租问题。战略性贸易政策可能导致保护过度和国内市场垄断，并可能成为利益集团寻租工具，减少全体国民的福利。第四，战略性贸易政策对某个特定产业提供保护和补贴，会增加其它产业部门的成本，这些部门的损失很可能超过扶持特定部门带来的收益。第五，实证方面存在的两难困境，东亚国家实施的产业政策与拉美国家并无本质区别，如果战略性贸易政策能够解释东亚经济的成功，又如何解释拉美经济的不成功。需要特别指出的是，在WTO 关于补贴和TPIPs 协议的规则下，战略性贸易政策的主要政策工具（限制进口、出口补贴、非国民待遇等）已难以继续实施。
    传统理论主要依据对西方民主国家政治的研究，认为政府很少在依赖补贴之前调查所有其他适当的政策工具，相反，补贴通过政治程序出现，政治家和行政管理人员根据自己的喜好、游说者和劳工团体的约束条件行事（Spencer，1988）。政治过程导致次优的经济制度，其中个人和群体不断发展自己的经济利益，政治家像企业家一样出售补贴政策来换取选票（Reynolds，1993），而企业则成为寻租者。党派政治行动通过鼓励企业参与寻租或将税收收入重新分配给寻租的小型有组织团体，从而导致配置效率低下和道德问题。补贴包括来自于无组织社会成员的财富转移，他们无法抗拒对他们施加压力的组织良好的团体的要求。大企业、政治性战略地区、强大的工业组织、工会或其他高度专注的利益团体受益于补贴，而小型或新成立的企业、消费者或非工会劳动者为此付出代价。企业的寻租行为包括游说、努力获得有价值的进口许可证或配额、向政党捐款、向政策制定者承诺就业、勒索和贿赂等，并最终增加腐败。