2011年 7月，由南京大学与盐城市人民政府合作共建的南京大学盐城环保技术与工程研究院正式运行，为了更好地贯彻落实党的路线、方针、政策，把握事业发展方向，凝聚全院上下团结一致、创业干事力量，经中共亭湖区委组织部批准， 2011年 12月 27日，研究院党支部正式成立，隶属环科城党工委下设的基层组织。
2017年 5月，中共南京大学委员会政产学研平台工作委员会成立，支部工作同时接受其指导。 2018年 6月30日，经亭湖区委组织部批准，组建研究院党总支，下设三个支部，现有党员54名，占研究院员工总数的 53%。他们分布在研发、检测、园区服务以及管理多条战线，党员中博士 5人，在读博士 2人，硕士 31人。
2013年 6月，党支部被亭湖区委授予先进基层党组织。 2015年 3月，获批盐城市巾帼科技创新示范基地。 2015年 4月，获得盐城市总工会授予的“盐城市五一劳动奖状”的荣誉称号。 2016年 3月，***盐城市委授予先进基层党组织。 2018年被授予“江苏省青年文明号”称号，同年 3月，获批亭湖区基层党建示范点。党总支书记陈金干被评为盐城市“两新”组织优秀党务工作者。 2019年 4月，我院党建工作业绩同样得到了南京大学政产学研平台党工委的肯定，被授予“先进党支部”，被共青团盐城市委员会授予“盐城青年五四奖章集体”荣誉称号。 2018年 5月，校外平台党建工作会议在我院召开，与会 50多名代表听取了我院争创党建工作优势、服务与引领事业发展的专题汇报。
针对我院党员的岗位特点， 2016年至今，院总支坚持组织“情系环保、建功园区”活动，并聘请当地园区党组织担任活动指导员，参与考察、评价，倡导党员带头坚守一线自觉奉献的良好风气。
2017年“七一”当日，研究院党支部特别邀请了中国工程院院士、南京大学教授张全兴来盐，为研究院党员及全体员工作励志报告。报告会后，研究院还组织了“张全兴院士报告听后感”征文竞赛，以此传承环保优良基因，坚定大家为建设美丽中国坚守、奉献的信念。
2018年 6月 19日，南京大学盐城环保技术与工程研究院、亭湖区教育局党组织，在环科城实验学校联合开展了“谋民众所求，为党旗增辉”主题党日活动。我们通过在环科城实验学校设立“绿色先锋助学基金”、共建“环保行为养成教育基地”，找到了关爱教育、保护环境的结合面与着力点，并于江苏大华化工公司党组织开展了支部共建活动。
多年来党组织为研究院人才聚集、科技研发及技术服务发挥了战斗堡垒作用，广大党员发挥了先锋模范作用。 2017年 2月 10日，研究院申报建设的水环境工程研究所（盐城）被江苏省产业技术研究院正式批准成为专业研究所。 2016年获批国家高新技术企业， 2017年获批工信部认定的国家中小企业公共服务示范平台， 2018年获批江苏省产业人才培训基地。
