1999年，南京大学成立了独立正处级建制的学生就业创业指导中心，全面负责学校学生就业创业的相关指导和服务工作。

2017年5月19日，成立南京大学创新创业与成果转化工作办公室，行使南京大学双创示范基地建设领导小组的工作落实及协调职能，将原科技成果转化中心、原学生就业创业指导中心的学生创业工作职能划转至双创办，将南京大学-纽约大学理工分校创新创业学院挂靠双创办，以形成合力，将双创工作、成果转化以及示范基地建设全面做实，提升服务国家能力，提高协调管理效率。

2017年6月19日，成立南京大学学生创业中心。学生创业中心隶属于南京大学创新创业与成果转化工作办公室，主要负责学生创业教育、创业训练、项目孵化以及大学生创业园等管理。中心以实现教学科研创业融合、教师学生融合、校内校外双创资源融合为目标，为学生创业和大创园建设的工作提供了更有力的机制保障，致力于打造集教师成果转化、学生双创、校友双创，双创服务及支撑载体建设于一体的平台。

目标：激发创新创业意识、提升创新创业能力、共享创新创业资源、催生创新创业企业

思路：围绕分层次、分阶段、分群体推进的“五位一体”创新创业教学体系