中国科学院南京地理与湖泊研究所前身为1940年成立的中国地理研究所，位于南京市风景秀美的玄武湖畔、紫金山麓，环境优雅，人文荟萃，是中国科学院知识创新工程单位。历经70年的发展，已经成为全国唯一以湖泊-流域系统为研究对象的综合研究机构，主导着中国湖泊科学的发展方向，并在国际上具有重要影响，在湖泊物理、湖泊化学、湖泊生物、湖泊沉积与全球变化以及区域可持续发展等领域形成了鲜明的学科特色和研究优势，为我国湖泊资源开发、环境治理以及长江中下游与东南沿海经济发达地区经济可持续发展做出了历史性的重要贡献。
进入中国科学院知识创新工程以来，南京地理与湖泊研究所的综合实力得到稳步提高。在全所职工的共同努力下，我所围绕国家重大战略需求，结合研究所发展定位和学科布局，在湖泊治理与保护方面建议并承担了一系列重大科研项目，有力的提升了我所的科研实力和地位，为后续重大科研成果产出奠定了良好的基础。当前，我所根据中科院党组的统一部署，制订了“十二五”研究所“123”发展战略，即围绕研究所发展战略定位，努力实现大型浅水湖泊富营养化与控制机理和湖泊生态灾害控制与水源地供水安全保障关键技术两大创新突破；重点培育湖泊生态系统演变与全球变化、湖泊－流域相互作用与调控以及都市密集区可持续发展与评估三个研究方向，这必将为南京地理所的跨越、持续发展注入新的动力。
放眼未来，南京地理与湖泊研究所将坚持面向世界科技前沿，面向国家战略需求，继往开来，再接再厉，努力将研究所建设成为学科综合优势显著、地域特色鲜明、国家知识创新体系中不可替代的国际著名湖泊科学综合研究和高层次人才培养基地；国家湖泊资源利用与环境治理工程技术研究中心；经济发达地区可持续发展科学研究与决策咨询中心。