软件工程学院成立于2006年，是经福建省教育厅批准设立的“软件人才培养基地”。2018年11月回归校本部，是厦门理工学院所属的二级学院。

学院办学定位于应用型本科职业教育，确立了“以软件工程专业为依托，融合其他学科和专业，构成复合应用型特色的本科职业教育”的专业方向发展定位。

学院围绕复合应用型软件人才培养目标要求，探索和构建了由理论教学培养体系、实践教学培养体系、素质拓展教育培养体系、创新创业教育培养体系和人才培养质量保障体系构成的复合应用型软件人才培养体系，通过知识的复合、能力的复合和素质的复合，培养学生的职业化综合应用能力，提升学生的就业竞争力。

目前学院设有软件工程四年制本科专业和两年制专升本软件工程专业，在校生人数800余人。

学院将始终坚持以服务为宗旨，以就业为导向，致力于内涵和特色建设，不断提升复合应用型软件人才培养质量，把软件工程学院打造成办学优势明显、特色突出的复合应用型软件人才培养基地。