近年来，本所研究学者出版的著作如下：

李琪：《中亚维吾尔人》, 新疆人民出版社, 2003年。

李琪：《“东突”分裂主义势力研究》, 中国社会科学出版社, 2004年。

李琪：《历史记忆与现实侧观：中亚研究》, 中国社会科学出版社, 2016年。

苏晓宇：《美国中亚军事战略的发展与前景》, 中国社会科学出版社, 2016年。

普加琴科娃：《中亚古代艺术》, 李琪译, 新疆美术摄影出版社, 2013年。