自动化工程学院拥有“控制科学与工程”一级学科学术型硕士点，“电机与电器”和“电气系统检测与控制”电气工程二级学科学术型硕士点（2022年开始改为“电气工程”一级学科招生），以及“电子信息（控制工程）”、“电子信息（人工智能）”、“能源动力（清洁能源技术）”等专业学位硕士点。主要围绕低碳智能发电、电力安全、核电仪控、综合智慧能源、能源互联网、电力机器人与智能自主系统等领域开展科学研究，科研项目主要自国家重点研发计划、国家自然科学基金、上海市科委、上海市教委等纵向科研项目，以及国网、五大发电集团、地方能源集团、自动化企业等能源电力企事业位委托的横向科研项目，每年科研经费1000万元以上。近五年在国内外重要学术期刊学术会议上发表论文 500 多篇，其中 ESI 高被引论文 5 篇，SCI、EI 收录论文 200多篇，授权发明专利100多项，科研成果获教育部、上海市、中国自动化学会、中国电力等科技奖励一等奖4 项、二等奖5项、三等奖3项。

学院拥有上海市电站自动化技术重点实验室、上海发电过程智能管控工程技术研究中心、上海电力安全技术研究中心，以及上海市“现代电力系统与电站自动化”重点学科。研究平台包括电站全范围激励式仿真系统（含600MW/1000MW火电机组）、燃气-蒸汽联合循环机组仿真与AI诊断、电站分散控制系统、现场总线控制系统、1000MW核电运行与仿真系统、核电热工仪表综合系统、火电半实物模型及控制系统、发电过程控制系统安全防护平台、新能源微电网控制平台、工业控制网络系统、电力智能机器人等，这些平台是“新能源电力系统”国家级实验教学示范中心、“智能发电”上海市级实验教学示范中心的重要组成部分。此外，学院与罗克韦尔、西门子、菲尼克斯、艾默生、福克斯波、施耐德等国外著名自动化企业共建了自动化系统实验室或研究平台。