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肿瘤科始建于1992年。经过近二十年的发展，目前已经成为一个以恶性肿瘤的化学药物治疗、放射治疗、生物治疗、内分泌药物治疗、营养支持及代谢调理治疗、中医扶正、减症治疗为主要业务范围的综合性肿瘤治疗专业科室。以开展肿瘤治疗手段齐全为科室的突出特点。开放床位70张。是江苏省目前实力较强的肿瘤学临床、教学和科研中心之一。是东南大学临床肿瘤学专业硕士学位授予点。
科室现有专业设置齐全、技术力量雄厚。科室层面包括医疗、护理、技术和工程等方面的专业技术人员，医疗组技术人员由西医肿瘤内 科、肿瘤放射治疗、中西医结合肿瘤内科、中医肿瘤内科、医学心理学等专业人员构成，共计二十一位。放疗物理师两名、放疗技师6名。护理专业人员均接受过肿瘤内科和/或肿瘤放射治疗的专业训练。科室目前现有主任医师4名、副高级职称4名、中级职称5名。
专业设备齐全、先进。主要拥有先进的德国产肿瘤放射治疗用直线加速器、CT模拟定位机等大型设备。2006年9月开始开展恶性肿瘤放疗业务。
科室以临床肿瘤学教研室为教学载体，开展和/或参与研究生（博士/硕士）、七年制和五年制本科生的肿瘤学、临床肿瘤学概论、临床肿瘤学、分子肿瘤学、内科肿瘤学、临床医学导论课程的理论课教学工作，承担大量的临床肿瘤学的临床带教工作。科室目前参与/或主持大型国家级、省/厅级科研课题近十项。近年来，每年在核心专业期刊发表论文数量都在三十篇以上。为了扩大科室在业内的影响度，每年还多次开展形式多样的临床肿瘤学不同专业的继续教育活动。
在食管癌、脑转移癌、骨转移癌、宫颈癌等肿瘤的放射治疗水平已经得到社会和省内同行认可，其中，鼻咽癌放疗的水平在江苏省位居前茅；消化道肿瘤、肺癌、乳腺癌、泌尿生殖系肿瘤、软组织肉瘤等肿瘤的化疗、分子靶点治疗和内分泌治疗等肿瘤内科业务的开展十分注重与国际专业发展接轨，强调治疗的规范化，技术水平完全符合一个著名大学附属医院专业科室的要求，尤其在中晚期食管癌化疗、肿瘤营养支持和代谢调理治疗等方面的临床研究和应用,积累了较坚实的工作基础，位居同专业的国内领先行列，诊治癌性肠梗阻水平在江苏省位居前茅。总之，肿瘤科经十余年的建设，分支机构及设置齐全，学科梯队较完善，技术先进，在省内外确立了良好的学术地位。