中法工程学院实行联合管理委员会管理制度，联合管理委员会由九人组成，其中中方委派五人，法方委派四人；联合管理委员会主任一人由中方人员担任，副主任一人由法方人员担任。委员会的职责包括但不限于制定发展规划、批准工作计划、审查预算和决算、终止项目等。委员会每年至少在春季举行一次会议。

第一届委员会由以下九位委员组成：

中方委员会成员：

东北大学校长，委员会主任

东北大学副校长，委员

东北大学国际合作与交流处处长，委员

东北大学材料科学与工程学院党委书记，委员

东北大学材料科学与工程学院院长，委员

法方委员会成员：

图卢兹大学校长，委员会副主任

图卢兹第三大学国际关系副校长，委员

图卢兹第三大学理工学院院长，委员

项目负责人，委员