哈尔滨工程大学数学科学学院始建于哈军工数学教研室，由著名数学家、数学教育家和导弹与航天技术专家卢庆骏教授担任首任教研室主任，先后走出了戴遗山、汪浩、张金槐等一批知名专家学者。学院数学学科具有悠久的培养历史，是国家培养高水平数学人才的重要基地。目前，数学学科拥有数学博士后科研流动站，一级博士学位授权点，一级硕士学位授权点，数学与应用数学专业为国家一流本科专业，黑龙江省重点专业。学院拥有“海洋科学与工程数学技术”工信部重点实验室、“工程应用数学”黑龙江省重点实验室和黑龙江应用数学中心，为教育部“大学数学课程群虚拟教研室”共建单位。

学院现有专任教师82人，教授17人，副教授42人。博士生导师28名，硕士导师53人。教师博士化率达到90%。其中国家级领军人才1人、省部级人才5人、省教学名师3人、国防科工委优秀教师1人、省课程思政教学名师1人、省高校教学新秀1人、省青年学术骨干支持计划入选2人、龙江最美高校辅导员1人。目前，在校本科生335人，硕士生205人，博士生97人，生师比为9.54:1。

学院一贯秉承严谨、严密、严格的优良教风，教学成果丰硕。现有《数学零距离》、《概率论与数理统计》、《复变函数》、《线性代数与解析几何》4门国家级一流本科课程，《工科数学分析》等10门省级一流本科课程，2门省级课程思政示范课程、2门省研究生精品课程。学院教师获第三届全国高校教师教学创新大赛全国总决赛二等奖1项,“全国高校数学微课程教学设计竞赛”全国决赛一等奖2项、获首届全国高校大学数学课程教学创新示范交流活动“全国示范交流”二等奖1项。近5年来，学院教师指导全校学生在各类国际、国内大学生数学建模竞赛、大学生数学竞赛及丘成桐大学生数学竞赛等数学类学科竞赛中获省级及省级以上奖励超过2000人次。

学院遵循“以理为主、理工结合”的学科发展思路，逐步形成了“代数学及其应用、微分方程理论、海洋计算数学、运筹与控制”等主要学科方向。近五年，学院在研科研项目82项，其中，科技委项目5项，民船专项项目2项，国家自然科学基金30项，其他省部级项目14项，2023年科研经费合同额过千万，学院师生年均发表SCI论文超70篇，其中国际合作论文超过20篇，在Memoris of AMS，CMP，Adv. Math，ARMA，JFA等国际数学顶级杂志发表论文多篇。学院学科团队不断拓展研究领域，与自然资源部第一海洋研究所、中电电子十所、徐州重工等大院大所建立长期、紧密的科研合作关系，派驻研究生参与合作研究。学院积极推动与学校“三海一核”理工结合项目，支撑水声技术全国重点实验室建设，为我校“三海一核”领域多个重大项目解决关键问题提供了重要的理论支撑，对提高我国船舶制作工业的技术水平、推进海洋开发和利用深远海发挥了重要作用。

近五年，学院举办国内外学术会议及论坛近百次，邀请了包括“菲尔兹奖”获得者Alessio Figalli教授、Efim Zelmanov教授，美国国家科学院院士James Glimm教授，伽利略奖章获得者Guggenheim研究员等近百位国内外著名学者进行学术交流。学院教师已与美国西弗吉尼亚大学、英国克莱恩大学、美国堪萨斯州立大学、日本京都大学、美国杜兰大学等27个国外研究机构建立了稳定的合作关系。教师赴国（境）外访问交流20余人次，学院累计派出本科生参加美国、葡萄牙、韩国等国家和地区的交流项目20余人。