哈尔滨工程大学是本科第一批次录取院校，招生类别包括普通本科招生、高校专项计划、国家专项计划、保送生、高水平运动队、内地西藏班、新疆高中班、少数民族预科、港澳台地区招生等。

学校招生工作严格遵守“公平竞争、公正选拔、公开透明”的原则，全面考核、综合评价、择优录取。严格按照国家及教育部有关文件和经教育部审核备案的专项招生简章进行各类别招生。

学校具有“三海一核”领域主体学科特色鲜明、相关学科支撑配套、专业结构布局合理的特色学科专业体系。国家第四轮学科评估A+、A-学科各1个，B+学科5个，B级学科6个，13个学科进入全国前30%行列。42个本科专业中，国家级一流本科专业建设点33个，4个专业入选国家级专业综合改革试点项目，17 个专业通过工程教育专业认证。

学校立足学校船海优势特色学科，以服务国家海洋强国战略为己任，设立未来技术学院，培养具有前瞻交叉思维的未来海洋领域和船舶行业科技创新领军人才；开设中俄创新人才培养试验班，着力培养精通俄语的船海领域未来科技领军人才。

学校积极开展中外合作办学，引进世界一流大学优质教育资源。与英国南安普顿大学联合成立“哈尔滨工程大学南安普顿海洋工程联合学院”，是教育部批准的中英首个船海特色合作办学机构；与英国阿伯丁大学、英国斯旺西大学开展中外合作办学项目。

目前，哈尔滨工程大学有博士学位授予权一级学科15个，硕士学位授予权一级学科32个；国家一级、二级重点学科各1个，黑龙江省重点学科群1个、一级重点学科11个。在国家第四轮学科评估中船舶与海洋工程、控制科学与工程学科分别获得A+和A-等级，核科学与技术、动力工程及工程热物理、信息与通信工程、计算机科学与技术、管理科学与工程位居国内前列，一级学科博士点排名全部进入全国前30%。学校可在经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、管理学、艺术学等8个门类招收硕士研究生，在理学、工学、法学、管理学等4个学科门类招收博士研究生，并可招收电子信息、机械、材料与化工、能源动力、土木水利、工商管理硕士、公共管理硕士、翻译硕士、社会工作、法律硕士、工程管理等11种类别专业学位硕士研究生，招收机械、能源动力、电子信息等3种类别专业学位博士研究生，形成了支撑学校高层次创新人才培养的学位授权体系。

近年来，学校坚持“三海一核”特色办学方略，全面推进“创新推动，打造品牌”的人才培养战略，研究生教育取得了明显进步和发展，办学规模不断扩大，为国家和社会培养了多门类高层次专门人才。从2003年至今，学校共培养硕士、博士以及各类专业学位硕士3万余名，研究生毕业生就业率连续多年保持在95%以上，每年海军、船舶、核工业系统等几百家用人单位专程到我校招聘毕业生，使我校毕业生在激烈的就业竞争中具备了特色的优势和竞争力。

哈尔滨工程大学研究生招生工作始终坚持公平、公正、公开的基本原则，综合评价、择优录取，不断探索招生工作机制，深化招生工作改革，努力提升研究生生源质量。

1997年，学校成为黑龙江省内最早开设全英文授课研究生专业的高校。2004年，学校设立哈尔滨工程大学外国留学生奖学金；2006年，学校正式成为中国政府奖学金项目委托培养院校；2010年，来华留学工作作为国际化办学的重要组成部分纳入学校整体发展规划；2016年，学校与乌克兰南方师范大学联合成立的“孔子学院”荣获全球“先进孔子学院”称号；2017年，学校进入国家“双一流”建设高校行列，通过来华留学生高等教育质量认证，并成为“中国政府原子能奖学金”唯一委托培养单位；2018年，学校进入“中国政府海洋奖学金项目”培养院校行列，基本实现了“国字号”中国政府奖学金项目对学校特色优势学科全覆盖。2020年成为国际原子能机构“居里夫人奖学金”项目培养单位。

近年来，学校本科生初次毕业去向落实率保持在90%以上，超过50%的本科毕业生升学深造；研究生初次毕业去向落实率保持在95%以上，多年位列黑龙江高校前列，并以高就业率、高就业质量，赢得社会认可。每年签约就业的毕业生中，45%进入世界500强和中国500强企业工作，涉及船舶海洋、航空航天、通信电子、建筑工程、核电技术等行业；40%进入国防科技领域单位就业。毕业生就业单位分布以大中型城市为主，主要集中在北京、上海、深圳、天津、大连、青岛、南京、广州等经济发达地区。2009年，学校被评为“全国普通高校毕业生就业工作先进集体”。2012年被教育部评为“全国高校毕业生就业50强”单位。2017年被中国高等教育学会创新创业教育分会评为“全国深化创新创业教育改革特色典型经验高校”。2021年学校被黑龙江省教育厅评为“黑龙江省大学生就业工作示范性高校”。2022年学校就业指导课程被教育部学生服务与素质发展中心评为“全国高校就业创业金课”；学校“知行”生涯工作室被黑龙江省大学生就业创业指导中心评为“黑龙江省高校职业生涯咨询特色工作室”。