合肥工业大学地下水科学与工程研究所，依托于原水文地质工程地质研究团队，成立于2017年，是专门从事水文地质与环境地质研究的机构。该研究所结合安徽及周边省份经济建设和社会发展的需要，从事地下水资源调查评价、开发利用和水环境保护的理论与技术研究，重视环境地质和地质灾害研究工作，推动水文地质学科创新体系发展；重点研究和解决水文地质工程建设中带普遍性、关键性、战略性、公益性和区域性的基础理论和技术问题；在区域水循环、水文地球化学、同位素水文地质、农业地质、城市地质、环境地质与地下水污染修复等分支学科取得了优良的研究成果，为地下水资源开发、整治、保护和合理利用提供科学依据。

该所目前主要研究方向：（1）岩体裂隙渗流与水力压裂；（2）深部水文地球化学；（3）地下水污染修复；（4）矿山水害防治；（5）地下水数据库与数值仿真。

该所具有实力雄厚的研究开发队伍，现有研究人员10人，其中教授3人，副教授4人，研究生队伍近30人。经过多年的积累与发展，形成了具有鲜明特色的地下水科学的技术优势，先后承担和完成了国家、省部级项目和地方科技服务等项目100多项，取得了丰硕的科研成果，其中有10多项获省部级科研成果奖。先后与多个国家和地区建立了联系，积极开展多种形式的国际学术交流与合作研究，主办或承办多次国际学术会议。

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