1958年，长春中医学院在吉林省中医进修学校基础上扩建成立，从此，开启了吉林省中医药高等教育探索发展之路。
缘起（1950—1958）
1949年，新中国成立，毛泽东主席指出:“必须很好地团结中医，搞好中医工作，才能担负起几亿人口艰巨的卫生工作任务。”社会主义制度建立，中医这棵千年古树又绽新蕾……
1.长春市立中医进修学校
1950年7月15日，长春市立中医进修学校成立，成为吉林省第一所中医学校。学校成立之初，校址设在长春市传染病院内。第一期学员主要是自愿报名而来，为在本市工作的中医师，学制1年，总计72人。1955年，学校迁到红旗街长春卫校三楼，开始了在红旗街办学的历程。
2.吉林省中医进修学校
1955年，吉林省卫生厅决定在原长春市立中医进修学校基础上，成立吉林省中医进修学校。1956年，吉林省中医进修学校在红旗街建立了4240平方米三层教学楼（即“黄楼”）。至此，学校才有了自己的家园，为后来长春中医学院的成立奠定了基础。
启航（1958—1978）
1.长春中医学院成立
1958年，根据吉林省第二个五年计划对卫生事业的要求，吉林省人民政府决定，在吉林省中医进修学校的基础上扩建成立长春中医学院。同年10月15日，长春中医学院正式成立，成为吉林省唯一一所中医药高等学府。
2.吉林省中医中药研究所、吉林省卫生干部学校并入
吉林省中医中药研究所前身为吉林省中医研究所，成立于1958年10月。成立之初，其与附属中医门诊部一并成为学校附属机构。1960年7月，其从学校分出，后改称“吉林省中医中药研究所”。1962年8月，根据需要，吉林省卫生厅将其作为保留单位并入学校。1965年8月，其再次从学校分出，完全独立至今。1962年，吉林省委、省政府决定，将吉林省卫生干部学校（成立于1957年1月，校址在现红旗附属医院本部位置）并入学校。
3.学校并入吉林医科大学
1966年5月，“文化大革命”爆发，学校正常教学、医疗秩序遭受严重破坏。1970年6月，学校并入吉林医科大学，附属医院改称为“吉林医科大学第四临床医院”，学校被撤销了建制。
重生（1978—1999）
1978年4月，国务院批准恢复长春中医学院建制。7月20日，学校举行恢复建制庆祝大会。
1977年，全国恢复统一考试招生制度。学校恢复了中断10年的中医本科招生工作。上世纪八九十年代，学校相继成立了中医系、中药系，筹备成立了针灸骨伤系。1990年，评选出任继学等8位终身教授。1985年，开始招收硕士研究生，在校生人数不断增加。1986年开办中药学专业专科班；1987年开设中医骨伤科学专科专业（1995年被批准为本科专业）；1992年招收中药制药专门化本科生；1996年招收中药制药专业等。至1997年，学校本科专业增至9个，专科专业增至4个，形成了研究生、本科生、专科生三个培养层次，普通高等教育、成人教育、中等中医药教育、留学生教育等四种办学形式的发展格局，成为吉林省中医药教育、科研、医疗和文化交流的中心。
跨越（1999—2012）
世纪之交，国家做出了扩大高校招生规模的决定。2000年，吉林省政府决定，省属长春中医学院附属卫生学校、吉林职工医科大学并入我校。学校在此基础上，相继成立了护理系和医学院。
1.净月新校区建成
2002年10月4日，历时近两年，净月校区一期建设工程胜利竣工，学校主体迁入净月新校区。至此，学校形成了三个校区，即净月校区、红旗校区和民主校区，步入了新的发展阶段。
2.“申博”成功
2003年7月上旬，国务院学位办函评结果揭晓，全国新增27个博士点，我校中医内科学、中药学名列其中。9月18日，经国务院学位委员会批准，学校成功成为第九批新增博士学位授权单位，并一次获得一级学科中药学和二级学科中医内科学两个博士学位授权学科。
3.遴选为省重点高校
新世纪，吉林省提出科教兴省战略。经积极申报，2004年12月，吉林省教育厅下发文件确定我校为省属重点高校。
4.更名为长春中医药大学
2006年2月14日，教育部下发《关于同意长春中医学院更名为长春中医药大学的通知》(教发函〔2006〕14号)，批准我校更名为长春中医药大学，成为学校发展史上的重要里程碑。
迁校、申博、更名大学的成功，为学校跨越发展奠定了坚基。期间，2004年，学校在全国一级学科整体水平评估中，中医学、中药学分居第6位、第9位；2004年，任继学荣获“白求恩奖章”；2007年，教育部本科教学工作水平评估获得优秀；2008年，省校共建了吉林省人参科学研究院；2009年，确立了建设一流教学研究型中医药大学的发展目标。中医学、中药学获批博士后科研流动站等等，取得了多项标志性历史成就，实现了跨越式发展, 被赞誉为“长春现象”“长春模式”“长春精神”。
深耕（2012—2018）
2012年，党的十八大胜利召开，提出了高校推进以提高质量为核心的内涵式发展新要求。学校紧跟高等教育发展新形势，坚持深化改革，转变发展方式，确立形成了“质量立校”“科技强校”“人才兴校”“特色办校”“文化荣校”“依法治校”的办学方略，核心竞争力不断提升，社会声誉和影响力不断增强。2016年8月，学校召开更名后的第二次党代会。新一届领导班子全面贯彻落实全国高校思想政治工作会议精神，坚持全面从严治党，坚持党对学校事业的全面领导，召开教代会、团代会、学代会等，推进民主办学，依法治校。不断创新工作理念、方式和手段，启动实施了“杏林青马工程”“三服务三提升工程”“中华优秀传统文化滋养工程”“‘五五’廉洁教育工程”等四大工程，党建和思想政治工作科学化水平不断提高，走在全省乃至全国高校的前列。
这一时期，刘柏龄教授、王烈教授先后获评国医大师称号。学校成为国家中医临床研究基地单位，中医学获批一级学科博士学位授权点，学校入选国家中西部高校基础能力建设工程，获评教育部“就业50强”高校，成为国家973项目首席科学家单位，获批成为中国(北方)中药质量检测技术平台项目建设单位，成为吉林省人民政府与国家中医药管理局共建高校。学校充分发挥地处东北亚的区位优势和中医药学科的特色优势，积极对接健康中国战略和“一带一路” 倡议，对接大健康产业发展需求，调整、优化学科和专业布局，创新人才培养模式，组建成立新的康复医学院、健康管理学院等机构，深化同通化市政府及各知名药企、知名康养机构的合作，推进协同创新、合作育人。学校各项事业蒸蒸日上，荣获全国文明单位、全国文明校园、全国中医药文化建设先进单位、吉林省创先争优先进基层党组织等多项荣誉。
奋进（2019—至今）
一系列跨越式发展为学校带来了前所未有的发展机遇，更加广阔的发展空间。2021年12月，学校召开第三次党员代表大会，确定了加快建设特色鲜明的高水平一流中医药大学的奋斗目标。学校坚持加强党对学校工作的全面领导，通过全面实施“杏林青马工程”“三服务三提升工程”“中华优秀传统文化滋养工程”“‘五五’廉洁教育工程”等党建“四大工程”，引领学校高质量发展。
这一时期，1977级校友仝小林当选为中国科学院院士。学校刘柏龄教授、王烈教授荣获“全国中医药杰出贡献奖”。南征教授荣获第四届“国医大师”称号，赵文海教授、王檀教授荣获第二届“全国名中医”称号。学校成为中医学专业“5+3”一体化培养院校。医学类本科专业实现全国一本招生。成立东北亚中医药研究院。国家中药质量检测技术平台（北方）落户我校。获批吉林省东北亚中医药研究中心建设项目。附属医院入选国家区域医疗中心输出医院，获批2项国家区域医疗中心项目。附属第三临床医院正式投入使用。积极与白山市政府、长春市二道区政府签署共建协议。联合吉林市棋盘村、柳河县亨通镇打造“党建联盟”。学校全程深度参与新冠疫情防控救治工作，为疫情防控和救治做出重要贡献。省委书记景俊海在我校主持召开中医药防治疫情工作座谈会。学校党委书记江凤艳在吉林省创建无疫单位和无疫县（市、区）、巩固动态清零成果动员会上作表态发言。
学校各项事业实现高质量内涵式发展。学校入选吉林省特色高水平大学建设项目，荣获全国抗击疫情先进集体、先进基层党组织、全国创新创业典型经验高校、全省党建工作示范高校、吉林省最受高中生关注本科高校等荣誉称号。
