随着抗日战争的胜利，中华民族近代长达一个世纪的外敌侵略史由此画上句号。然而，正当举国欢庆之时，国民党政府却意图发动内战，将本已灾难深重的国家和人民又一次带入腥风血雨之中。

国民党发动全面内战以后，经济危机日趋严重，教育事业也遭到严重破坏。1946年秋，迫于内战压力，国民政府教育部压缩教育经费，还下令取消交大航海、轮机二科，随后又作出不准设立前已批准的水利、纺织、化工三个工程系，由此引发了学校历史上最为声势浩大的学生运动。

停办部分学科的消息传至学校，师生们群情激奋，迅速成立护校委员会，派出师生代表一次又一次赴南京请愿，要求国民党政府收回部令，但均无果而终，还得到校名“交通”也将更改的回复。国民党政府的无情无理使师生们更为震怒，校园里传出“五十多岁的交大，今天发出怒吼，举起反抗的大旗为自由而奋斗”的激昂歌声，一场大规模的护校运动全面展开。

1947年5月13日清晨，在交大地下党组织的领导下，全校95%以上近2800名学生分别登上五十多辆挂有“交通大学晋京请愿团”横幅的卡车，向火车站进发。为阻止学生赴京，上海市政府下令停开前往南京的火车，并派出军警强加阻拦。但是，学生们并未屈服于政府的威慑之下，反而愈加振奋，请愿的呼声此起彼伏。

“没有火车，我们自己开！”在铁路工人的暗中指引下，机械系的学生们找来机车和车厢，运用平日里实习学来的技能，大家有的当起司机，有的当起炉工、水工，一列贴有“交大万岁”标语的火车，由学生们自驾着缓缓驶出车站，向南京驶去。

火车刚刚驶出，政府当局便命令拆除前方铁轨，迫使列车驶出一段后，不得不停止运行。“没有铁轨，我们自己铺！”土木系的学生们立即下车，有的扛枕木、有的敲道钉，把铁轨重新铺好，列车继续前进。

国民政府被交大学生护校的气势、决心和勇气所震慑，教育部长赶赴现场，经与校方协商，做出书面答复：“同意交大校名不更改，轮机、航海两科不停办，增加学校经费……”得此回复，学生们才在热烈的欢呼声中返回学校。

交大的这场护校运动是师生们对国民党反动派的一次英勇斗争，也是国民党统治区内爱国民主运动的重要组成部分，曾轰动一时。解放后，毛泽东主席提起交大时曾提及此事：“就是那个学生自己开火车到南京请愿的交通大学。”