1937年，全面抗战爆发，交大发展的黄金时代戛然而止。面对日伪政权的强行接管，沪校广大爱国师生纷纷离职退学，以支持抗战。在上海孤岛中，交大艰难支撑，规模萎缩。如在校生1936年有700多人，1937年秋入学后仅有500多人，不足七成；教师1936年有180人，1937年仅有130人左右，1942年日伪接管沪校时有120人，仅六成有余。1945年抗战胜利后，随着交大渝校师生复员上海，与沪校合并，我校师生规模达到了历史最高水平。如1947年，教师总人数已多达280人（至解放前夕，变化很小），较战前黄金时期增长五成多，特别是正副教授就有167人，是战前（1936年有66人）的近三倍。在校学生激增，1946年至解放前夕，基本维持在3000人左右，较战前增长4倍多，是当时国内规模最大的大学之一。

战后师生规模的扩展，一方面与国民政府发展工业经济，亟需大量工程管理技术人才有关。与战前相比，我校学科体系变化较大，原来的土木、电机、机械三院降格为系，新增造船、航空、化学工程、纺织、水利、轮机等系，和电信管理与电信工程两专修科，由5院3系4科发展为3院18系4科格局。学科体系的细化与完善，要求招生规模以及师资队伍的壮大。

另一方面，与交大深重的“饮水思源”文化传统及其声名远扬的较高社会知名度有关。战时交大渝校的建设幸赖广大校友的鼎立支援，如张钟俊、陈大燮、曹鹤荪、王达时等知名教授，复员时纷纷来沪继续奉献母校。日伪接管沪校中义愤离职的裘维裕、钟兆琳、黄叔培、周铭等大批知名教授，复员时亦纷纷回归。战后裘维裕教授率先回到沪校，协助接收残存仪器设备，并着手迎接渝校师生复员。另外，战后还有程孝刚、朱物华、王之卓、吴有训、周志宏、周惠久、殷大钧、沈尚贤、朱公谨等大批知名教授任教我校。时下有“北清华，南交大”之说，交大与清华同为广大学子梦寐以求的最理想学府。

与师生规模壮大同期，师生质量更为优胜。就生源质量论，战前考录比为10：1，1946年攀升为35：1。1946级工业管理系校友金凤感叹“交大考题之难，称得上全国第一”。不完全统计，此时期在我校求学者日后成为中国工程院、科学院院士者有25人左右。教授除多有海外高层次留学背景外，还有丰富的国内知名大学执教或工业事业部门经历：电机系陈季丹教授，曾为武汉大学电机系主任教授；机械系柴志明教授曾为浙江大学机械系主任教授；土木系张有年龄教授曾为四川大学土木水利工程系主任教授；造船系叶在馥教授曾为曾任上海江南造船厂船舶设计课主任，同济大学造船系主任教授；沈尚贤教授，曾为欧亚航空公司无线电工程师，中央无线电器材厂昆明厂工程师等。在各学领域中，交大教授亦多有建树，如程孝刚、吴有训、张廷金、钟兆琳、张钟俊、王之卓、黄叔培、朱物华、周同庆、曹鹤荪、钟伟成等均为各方面的大师。