1937年11月上海沦陷，在上海租界，交大规模缩减，办学愈发艰难。在广大校友积极推动下，加之敌后抗战亟需高级工程技术人才，教育部方于1940年8月决定，在重庆设立交通大学分校。1942年，迁九龙坡成立国立交通大学本部。至抗战胜利时，交大由分校时的电机、机械两系，教师10人，学生80余人规模，发展为本部“海陆空”齐备兼具管理，教职工280余人，学生1700余人，名副其实的“交通大学”。短短五年时间，在极端艰险的环境中，交大发展迅猛，成绩卓著，超乎世人想象。当时教育部对交大重庆本部发展虽持积极支持态度，然经费支撑与实际支出相差殊远，特别是后期我校办学规模扩大，师生数量剧增，经费及办学资源尤其紧张，其困局破解多赖广大校友、社会力量和交大师生众志成城，团结一心。

一方面，广大校友鼎立支持抗战时期交大重庆校区与师资队伍建设。如交大重庆分校的校舍由校友王端骧提供，将中央无线电器材厂空闲房舍2幢，大小房间60余间租给交大使用。初期10名教师中有8名为我校校友，如徐名材、陈章等；定址九龙坡后，本部校舍亦多赖校友徐承焕的精心筹划，以及淩鸿勋、朱一成的慷慨解囊。师资队伍主体亦以校友为主，仅1934届校友供职奉献母校的就有10人，其中曹鹤荪筹建主持航空系，张钟俊筹建主持电信研究所，王达时主持土木系，辛一心任教造船系，张煦任教电机系等等。鉴于此，吴保丰欣慰地讲，“教员人选，素为各大学一大困难问题，今吾母校教员，无论质量两方面，均已得有美满结果，苟非吾校校友人才众多，抱有牺牲精神，热忱贡献，曷克臻此。”

一方面，广大校友为重庆校区捐助办学经费和图书仪器设备。1942年3月交通大学校友会成立，宗旨为“必竭力以赴为母校效劳”。虑及母校办学危急，遂发起“为母校献金运动”和“劝募一本书运动”，以解办学经费、图书仪器之贫乏。至9月底，共筹捐经费69万元，核价22万元的引擎、车床设备。其中现金40万和捐赠机物分配于九龙坡母校，其余分配平越分校。我校校友徐继庄，还代学校募捐国币15.2万元。

另外，广大社会团体、公私企业和社会人士也积极为我校捐献设备，提供补助，支持我校办学。如航空系，即得到航空委员会及航委军政厅每年每班2万元经费，其所用教学设备均为各航空部门捐赠；电信研究所亦是如此，其与交通部电信总局、中央广播事业管理局、中央电工器材厂及中央无线电器材厂等单位合作办学，各单位每月各支1000元作为补助；1945年，另有爱国实业家卢作孚先后捐赠10万元，募捐法币9万元；著名化工实业家吴蕴初协天原和天厨厂捐赠国币20万元，用于添建校舍及增购图书。