1941年底，太平洋战争爆发，日本占领租界，上海完全沦陷，交通大学办学步履维艰，时刻面临被日伪政府接管的危险。次年8月，重庆国民政府要求交通大学迁渝，成立国立交通大学本部，校址由小龙坎迁往九龙坡，代理校长由吴保丰出任，上海部分改为交通大学分校。为支援国家抗战，交大（重庆本部）极力拓展学科体系，至抗战结束前，已有土木、机械、电机、航空、造船和管理等6大学科9个系，形成“陆海空”齐备兼具管理的名副其实的“交通”大学。

自从我校以“交通”之名办学以来，创成陆、海、空学科体系齐备的大学，实为所有交大人的一个梦想，这一梦想终在吴保丰校长任期实现。迁校重庆后，交通大学的传统学科土木、电机、机械和管理恢复自在情理，不复困难，至1945年，除原科学学院外，已基本恢复原貌，甚至有所发展，如土木系新增水利门。问题的关键在航空和造船二科。

上世纪三十年代，我校即开航空工程教育，后机械工程学院曾设航空门，但抗战之初即停办。因抗战亟需大量航空技术人才，重庆分校特向教育部呈请“航空事业为近代国家建设之要素，本校上海总校原设航空工程系，历年造就此项人才甚多，故本分校拟于下半年增设航空工程系”，教育部欣然应允。我校遂于1942年8月设立航空工程系，分设空气动力、飞机结构和发动机三门，当年即着手招生。至1945年，航空系已有学生116名，在国内亦属较大规模。

船科的开办，当属意外之喜。1909年我校即办航海科，因种种原因，1911年离开我校成立邮传部高等商船学堂，此后我校再无船科。抗战期间，该校迁往重庆造船中心复课，改为国立商船专科学校。1941年因校长任命问题发生学潮，几经调解，未能缓解，惊动教育部。1943年教育部训令商船专科“停办，所有校产由交大接收”。这样，交大失而复得。国立商专改组，原造船科改为交大造船工程系，航海和轮机改为轮机与航海专修科。至1945年，交大船科在校生有300余人。

另外，为解决抗战对通讯技术高等人才的需求，1943年我校与重庆国民政府交通部、电信总局、中央无线电器材厂等单位合办电信研究所，培养电信技术硕士研究生，分电信、电力两学部，学制两年，1944年正式招生，由教育部授予工学硕士。

至抗战胜利前夕，交大（重庆本部）不仅形成了“陆海空管”齐备的学科体系，而且实现了专修科、本科和硕士多层次并重的培养机制。虽然当时社会历史环境极为艰险，但我校办学却完成了一次重要的历史突破，成就了名副其实的“交通大学”。