抗战军兴，交大在上海敌占区忍辱负重、艰难维持。师生校友们一直在呼吁学校尽快内迁，并为此多方奔走、筹划准备。1940年初，国民政府教育部指令交大增加电机、机械的招生班数，以应战时对工程人才的急切需求。然而交大暂借租界已是勉力维持，实在无力扩大招生，便以此为契机，申请在内地设立交大分校。交通大学重庆分校，就此在抗战大后方迅速崛起。

白手起家建立起交大重庆分校，是师生共同努力的结果，更是广大校友们“饮水思源”精神的实际写照。当得知学校要在重庆建分校，1930届电机学院毕业生、时任重庆中央无线电器材厂厂长王端骧即提供该厂空闲宿舍作为校舍。而主持分校事务的，是1908年毕业于南洋公学中院的著名化学家、时任重庆资源委员会化工处处长徐铭材。此后更有二十余位交大校友响应号召，汇聚大后方，为母校的教育事业发展贡献己力。

1940年11月，交大分校在重庆小龙坎正式开课。一年后，交大校友、1921届电机科毕业生吴保丰接替徐铭材任分校主任，教务长同样是由交大电机科毕业的李熙谋担任。学校在他们的主持下，在极其艰苦的条件下不断发展壮大。器材厂作为临时校舍无法满足学校日益扩大的规模，吴保丰便向交通部争取经费支持，并得到很多在交通部任职的校友们的支援，于1942年夏在重庆九龙坡建起了可以满足基本需要的新校舍。

正当战时大后方崛起的“新”交大令无数交大人为之振奋之时，深处敌战区的交大上海本部处境却愈发艰难。面对此种情形，国民政府教育部于1942年8月发出部令，要求上海本部撤离上海前往重庆，与搬迁至九龙坡的分校一起改称国立交通大学本部。然而此时战争形势更为严峻，交大上海部分已失去全部迁渝的最好时机，无法组织实施教育部令，部分师生只得自发结伴，设法赴渝。1942年11月，重庆九龙坡交大本部正式开课，吴保丰任代理校长。

抗战胜利后，重庆本部师生陆续离渝返沪，至1946年8月最后一批师生离校，交大在重庆办学前后共计六年之久。在这六年中，师生们大力发展抗战所急需的学科专业，精心造就时代所呼唤的栋梁之才，写下了交大历史上光辉灿烂的一页。