1937年8月，淞沪抗战爆发，短短三个月后，日本占领上海华界。期间，交大师生虽多次上书，力争迁校，但国民党当局错判时局，罔顾我校师生利益，一再贻误时机，我校被迫转移至法租界，忍辱负重，在“孤岛”租房艰苦办学。为避免被日伪政府接管，1941年9月，我校即对外宣布改为私立南洋大学，但暗中仍由国民党重庆政府资助经费。随后，珍珠港事件爆发，日本占领上海公共租界，自此，在上海，交大办学完全陷入孤独无援的境地，不仅重庆政府切断了几经延滞且萎缩严重的教育经费，而且时刻面临日伪统治者的“鱼肉”。但交大人坚守工程救国之志，卧薪尝胆，承续传统，弦歌不辍，成为沦陷区办学最出色的高等学府。

“艰难困苦，玉汝于成。”抗战之初，我校徐家汇校舍即被占用，无奈寄人于法租界震旦大学和中华学艺社狭小校舍开学复课，到校师生超过半数。我校实验仪器、设备、图书等虽历尽艰辛，抢运而出，但在法租界亦无法全部安装使用。国民党当局所拨办学经费长期拖欠，尔后数额锐减至战前一半，加之日益高涨的通货膨胀，我校广大师生生活陷入穷途末路。值此危局，交大教师们临危不惧，团结一致，挺身而出，在教学上，承续老交大传统，大教授们如基础课之胡敦复、裘维裕、周铭和徐名材，专业课之钟兆琳、陈石英、胡端行、李谦若、康时清等，亲自上课、带实验；教学严格，霸王课“物理”每学期大小考试多达28次之多；实验仪器虽不齐备，但实验环节、要求和标准并未降低，参观实习项目亦未减少，如1939年机械系第一学期就有7次参观实习，有188人参加；招生严格，宁缺毋滥，为提高生源质量，学校曾赴香港招生百余名；校务方面，广大校友、教师纷纷施以援手，主动为学校捐款、捐赠相关资料图书，学校则一方面开支节流，一方面增加特殊学生和优秀学生的奖励补助力度。

抗战八年，交大师生置身囹圄，面对日伪的无理枪炮和奴化思想，我校教学秩序良好，教学管理严密，加之学生多能发奋用功，学业成绩并不比战前低劣，功绩知名者，如飞机制造业先驱胡声求；国家最高科学技术奖得主吴文俊、徐光宪；第二位华裔美国国家工程院院士田炳耕，另有谈镐生、许国志、杨嘉樨、高小霞、顾夏生等多名院士。