从理论上讲，要素市场扭曲影响区域创新效率主要从企业的角度切入，因为一个地区创新的主要力量还在于企业主体。具体影响机理如下：

    首先，由于地方政府追求GDP增长、财税收入以及就业等目标，会不自觉地对土地、资本、劳动力等要素市场进行干预和控制。而大型国有企业正好符合政府实现这些经济目标的要求，因而更偏向于将生产要素向这些企业倾斜。由于获得政府垄断要素可以降低企业生产成本进而获得超额利润，企业也就缺乏通过投入创新要素来获得利润的动机，进而区域整体的创新能力就会相应下降。

    其次，政府控制了土地、资本、劳动力等关键要素的定价权和分配权，也就激发了企业的寻租活动和获取寻租收益的冲动，因为低成本和稀缺的生产要素可以为企业带来丰厚的超额利润。在这种情况下，企业必将面临是通过自主研发创新提高产出还是通过与政府建立寻租联系来增加利润的抉择。如果企业参与寻租活动必会将更多的资源和人才投入其中，进而挤出用于提升创新能力的投入，对创新能力的提高产生不利影响。因此，由于政府行为造成的要素市场扭曲现象使得企业的行为产生偏差，进而对区域整体创新能力产生负面影响，限制了区域创新效率的提升。

    再次，要素投入是创新活动得以开展的必要条件，大量的资金投入和高素质的劳动力形成占有重要地位。但是，创新活动是一项具有高风险的不确定性活动，创新成本高昂。而我国的现实情况是，用于创新的资金供给不足，高素质劳动力匮乏。这对于进行创新，提高创新效率是不利的。由于劳动力供给存在低素质倾向，劳动力成本相应偏低，无形之中使得资金和劳动力成本比例产生扭曲：低廉的劳动力成本和高昂的资本成本。高昂的资本投入和低廉且缺乏高素质的劳动力是企业进行自主创新必然会面临的困境。当企业面临成本-收益考量时，必然会选择使用低廉的劳动力，生产低创新甚至无创新的产品，避免使用高成本的资本和高素质劳动力，去进行具有高风险和高收益的创新活动，从而保证利润获得。在面临要素市场的扭曲的情况下，密集使用相对廉价的要素，是企业相对理性的选择。然而，这会减少对创新的投入，进而使得区域整体创新能力下降，创新效率低下。

    由此可以看出，要素市场扭曲抑制了区域创新效率，扭曲程度越高，抑制作用越强。