水处理与水环境修复教育部工程研究中心于2008年获得教育部批准成立，工程中心以南京大学-宜兴环保科技研发中心为基础，围绕提高科技创新能力的目标，采取“开放、竞争、协作”的运行机制，凝聚并培养国内一流的水污染控制专业技术人才，建成集技术创新、技术孵化、技术辐射于一体的高效工程研究基地。2008年被江苏省科技厅列为“江苏省十大科技惠民基础支撑平台”，2009年共同申建国家有机毒物污染与资源化工程技术研究中心，2009年牵头组建江苏环保产业技术创新战略联盟，2011年牵头组建国家节能降耗水处理装备技术创新战略联盟，2012年牵头组建水污染治理装备技术创新联盟。工程研究中心现拥有专业研发人员100人，具有高级职称52人，其中长江学者4人、国家杰出青年基金获得者1人、国家863专题项目、国家重大支撑项目和水专项项目首席专家4人，现任中心主任为任洪强教授。
中心硬件平台建设：主要包括在南京大学校园内和宜兴环保科技园内建成集中办公、科研信息服务、人才培训及学术交流集中的办公与技术服务中心；以大型分析测试仪器为主体的水质检测实验室南大分室和以常规分析仪器为主体的水质检测实验室宜兴分室；集生物处理新技术、高级氧化技术、膜分离、超临界、超声等于一体的工艺模拟实验研究平台；包括高效低耗水处理成套装置的中试设备、多单元组合车载现场中试设备等在内的中试放大与孵化平台。
开展水处理与水环境修复共性技术和关键技术的研发与转化：重点围绕水和废水处理及资源化新技术、面源污染控制与生态工程技术、水资源保护及修复技术、有毒物质生态安全评价技术、水污染防治技术政策与标准研究5个方向的技术研发与应用转化。
近五年来，在水处理与水环境修复领域，承担了一大批国家863、973、重大支撑及省部重大科研项目，年均到帐研究经费2700余万元、合同科研4100余万元，年获授权发明专利70余件；近5年获国家技术发明二等奖、国家科技进步二等奖共5项，何梁何利科技创新奖1项，省部级科技一、二等奖15项；工业废水生物处理与资源化技术水平居国内领先，新型功能材料、新装备、风险预测技术等达到国际领先水平。
中心现有现代化大型仪器：Illumina hiseq 2500高通量DNA测序仪、Illumina miseq高通量DNA测序仪、Thermo LTQ Orbitrap XL高通量蛋白质测序仪、Agilent 7890B气相色谱-质谱联用仪、Waters Xevo-TQ液相色谱-质谱联用仪、Bruker Dimension EDGE原子力显微镜、Thermo iCAP Q电感耦合等离子发射光谱、Dionex ICS-1000离子色谱仪、Zeiss Imager Z1荧光显微镜、Bruker Dimension EDGE原子力显微镜等各类分析检测仪器设备。