蛋白质与多肽新药教育部工程研究中心(以下简称“中心”)是南京大学创建的部级技术研究创新中心。中心面向我国国民卫生健康对蛋白质与多肽新药的需求，围绕重大疾病治疗靶点研发、蛋白质与多肽创新药物研发、蛋白质与多肽药物制剂及递送新技术研发、蛋白质与多肽药物关键技术研发、药物研发支撑服务五大研究方向，解决蛋白质与多肽制药产业工业化的问题。
中心主要建设目标是解决蛋白质与多肽制药产业工业化的问题，包括工艺的工业化、设计建设生产基地和设施、新药的研究与申报，提高工艺技术水平，增加创新产品，培养研发与生产通用型人才，促进研究成果向工业化的转化等。工程研究中心的建设能够摸索出一条为企业定做产品、工艺、人才及管理的产学研相结合的新路，以达到高效高速出产品、出工艺、出人才、出产业的目的，并以此支持全国蛋白质与多肽制药行业的发展，提升整个行业的水平，引领蛋白质与多肽制药行业的方向。