中心作为管理改革特区，建立了独立完整的治理机构。中心实行理事会领导下的主任委员会负责制，管理委员会行政指导，学术委员会学术指导，（跨学科）平台及团队具体实施的管理框架。

A、 理事会

理事长：

洪银兴    原南京大学党委书记

常务副理事长：

杨忠    南京大学党委常务副书记

理事：

沈金龙    中国人民解放军海军指挥学院院长

吴士存    中国南海研究院院长

王利明    中国人民大学常务副校长

晏世经    四川大学副校长

李国强    中国社科院中国边疆研究所所党委书记、副所长

周成虎    中国科学院地理科学与资源研究所副所长

B、 主任委员会

中心主任：王颖   院士

教授，中科院院士，中国海洋学会名誉理事长

始于1958年从事海岸与海港选建研究；1964年起从事海南与两广地区南海海岸海洋研究与建设规划；1978年始在加拿大从事大西洋进而从事大洋海岸及深海海洋研究

加拿大Waterloo大学环境科学荣誉博士，国家级有突出贡献专家，曾获全国科学大会科技重大贡献奖及国家科技进步二等奖等

曾任国际海洋研究科学委员会（SCOR）“相对海平面与世界淤泥质海岸”研究组 (WG 106) 主席。主持中科院“南海资源环境与海疆权益”与“中国海陆交互作用带环境特征、相宜利用与学科发展战略研究”院士咨询项目

PACON International终身会员，法国地理学会、国际第四纪研究联合会（INQUA）、国际地貌学家联合会（IAG）荣誉会员

执行主任：朱锋

副主任

吴士存    中国南海研究院院长、博导

南海问题政策与战略决策支持平台 平台长

南海战略专家。美国政府“美国外交政策溯源”学者。

周成虎    中国科学院院士、研究员

南海遥感动态监测与情势推演平台 平台长

地理信息专家。国际欧亚科学院院士，国家863GIS主题专家组组长。

冯梁    海军指挥学院教授、博导

南海航行自由与安全稳定研究平台 平台长

海洋斗争与安全专家。参与中美海上安全磋商机制工作小组会。

李国强     中国社科院研究员、博导

南海问题政策与战略决策支持平台 副平台长

中国海疆史、西南疆域史研究专家，享受国务院特殊津贴。

沈固朝     南京大学教授、博导

南海问题政策与战略决策支持平台 副平台长

海疆史地与文献研究专家。从事南海证据链、海疆档案与文献研究。

C、 学术委员会

主任：杨洁勉

副主任：阎学通、朱庆葆、王守仁

委员（依姓氏拼音排序）：卜宇、陈谦平、范从来、范金民、高子川、何成洲、贾兵兵、贾宇、刘迎胜、张凤阳、

                                          周成虎、 周桂银、朱锋、邹欣庆

D、 管理委员会

主任

杨忠    南京大学教授、博导，南京大学党委常务副书记

成员：吴士存、冯梁、余民才、杨翠柏、李国强、周成虎、华涛、周爱群、姜田、沈固朝

E、 创新平台负责人

南海史地与文化平台：刘迎胜、华涛

南海资源环境与海疆权益平台：王颖、高抒、邹欣庆

南海法律平台：杨翠柏、余民才、范健

南海航行自由与安全稳定平台：冯梁、张炜

南海周边国家政治经济社会平台：陈晓律、刘成、于文杰

南海舆情监测与传播管理平台：杜骏飞、王月清

南海遥感动态监测与情势推演平台：周成虎、李满春、何常青

南海问题政策与战略决策支持平台：吴士存、李国强、沈固朝

南海国际关系平台：石斌、洪邮生

F、 行政办公室