随着计算机和网络技术的飞速发展，高性能计算已成为继理论和实验之后科学研究的第三大支柱，各学科对高性能计算资源的需求不断攀升。1999年，南京大学几个学科的中科院院士出于科学研究对计算资源的迫切需求，提出南京大学应该有一台全校共享的大型计算机为学校的科研服务，并得到了学校的大力支持，在2000年的“985工程”一期项目中，南京大学投资86万美元购置了一台64颗CPU的SGI Origin 3800 CCNUMA架构共享内存计算机，由天文系代管。至2007年该计算机共为南京大学的物理、化学、大气 、天文 、材料、电子等各院系提供了280万CPU 小时的计算服务。
随着计算需求的不断增加，部分经费充足的教师开始自己购置小型计算机集群，但是全校的计算资源需求缺口仍然很大。2006年，在多位院士的提议和推动下，南京大学在“985工程二期计划“中决定再次拨款2000万元用于购置和更新全校所需的大型共享计算设备，构建大规模科学计算平台，为全校教师提供更强大的计算能力和更多的计算资源。为了更好地管理和使用这些大型计算设备，学校同时决定筹建南京大学高性能计算中心，全面负责对这些大型共享计算设备进行管理、维护和运营。2009年底，IBM大型刀片集群（>3200核，理论计算峰值34万亿次/秒，Linpack 并行效率92%）投入运行，该集群2009年入选中国高性能计算机TOP100排行榜第七位，高校系统第一位；并入选全球超级计算机TOP500排行榜第203位。
2010年3月，“南京大学高性能计算中心“正式挂牌成立，其定位是南京大学高性能计算的公共服务平台，为全校各相关学科的教师和学生提供高性能科学计算服务，为学校的人才培养和科技创新提供一个高性能计算环境；同时也尽力为地方经济和科技发展提供支持。
2015年4月，IBM刀片集群的用户计算总机时已达到一亿CPU小时，同时，作业排队现象变得十分突出，用户的计算需求远超“中心”所能提供的计算能力，“中心”开始对新集群建设工作进行调研。南京大学主要领导对此极为重视，为更好地满足全校教学科研对高性能计算能力的迫切需要，促进学校教学科研水平的进一步提升，于2015年11月，召开了高性能计算中心平台升级专题校长办公会议，为更好地满足教学科研需要，促进南京大学教学科研水平进一步提升，决定投入5000万元升级高性能计算中心的计算平台。“中心“新机房位于南京大学鼓楼校区蒙民伟楼一楼，新建计算平台主要采用联想Flex X240M5刀片服务器，理论CPU计算峰值870万亿次/秒，Linpack实测值79.62%，在2017年6月发布的全球超级计算机Top500排行榜中列第284位。
2019年，“中心”扩容了63台胖节点（四路Intel Xeon Gold 6248）和5台8卡（V100 GPU）的GPU计算节点。
2022年，再次扩容了50台AMD计算节点（双路AMD EPYC 7763）。
中心概况
