复杂网络系统安全保障技术教育部工程研究中心于2007年10月经教育部批准建设，2018年7月通过建设验收，进入运行阶段。

目前工程中心主任由计算机科学与工程学院姚羽教授担任。

工程中心的总体建设目标为：通过产学研联合，研究开发网络与信息安全产品设备，加速形成我国具有国际竞争能力的网络与信息安全产业，扩大民族品牌的产品在国内外市场的占有率；通过对复杂网络系统安全保障技术领域的共性、关键性和前沿性问题进行系统研究，形成符合市场需求的技术创新体系，增强产业的可持续发展能力。

工程中心将集中网络与信息安全研究方面的优势力量，充分发挥依托单位的技术和科研优势，实现多学科交叉、联合攻关的能力，在此基础上申请和承担更多的国家重大课题，使网络与信息安全技术的开发和应用在总体规模和水平上达到国内领先，并逐步与世界先进水平接轨。同时，在研发中培养一批高层次专业人才，以产业化带动整个民族行业的发展。

工程中心现有正高级职称的研究人员26人，副高级职称36人，博士学历的研究人员达到74.8％，专业领域涵盖了计算机科学与技术、通信工程、信息安全等相关专业。

自成立以来，工程中心承担的各级各类科研项目总资金近亿元，如国家杰出青年科学基金、国家自然科学基金、国家973计划、国家863计划等。

工程中心已发表了100多篇学术论文，其中近20篇文章发表在顶级国际学术会议和期刊上，已申请国家发明专利20多项。

目前工程中心已培养了博士研究生115名，硕士研究生617名。