实验室建设水平是环工系科研实力、教学水平的重要标志。
经过多年大规模的投入建设，环工系实验室已经形成服务于教学科研的完整实验室架构，包括基础实验室模块、专业实验室模块、创新研究实验室模块等3个模块，共有各类实验室55个，主要位于保定校区二校实验楼综合楼A座的一、三、四层。
基础实验室模块主要服务于本科专业基础课实验教学，主要由有机化学、无机化学、分析化学等实验室构成。
专业实验室模块主要服务于本科专业课实验教学。该模块不仅用于培养本科生掌握国内外常规化学分析仪器的使用技能，同时为环工系的科学研究提供基础仪器支撑。目前，环工系在用的化学分析仪器包括X射线衍射分析仪、原子吸收光谱分析仪、气相色谱、高效液相色谱等。
创新研究实验室模块主要服务于创新性科学研究。随着环工系主持及参与的国家级、省部级的项目数量和研究水平大幅提升，创新研究实验室的建设也得到快速发展，同时该模块还担负着创新型人才培养的重要职责。
此外，环工系还拥有多个行业及专业特色鲜明的实验室，如“燃煤电站烟气多污染物协同控制”河北省重点实验室、“能源电力行业环境污染控制”保定市重点实验室、“电厂节水及废水零排放实验室”特色实验室、“白洋淀湿地校级研究中心”实验室等科学实验平台，为环工系教学和科研工作的顺利开展提供了雄厚的基础条件。
