红山文化与中华文明协同创新中心初创于2012年6月；2013年8月，经辽宁省教育厅批准筹建；2014年10月，正式获批为辽宁省协同创新中心，依托单位为辽宁师范大学历史文化旅游学院。

中心的组建方式是依托高等院校的学科、人才、科研优势资源，以地方政府为主导，由辽宁师范大学牵头，融合各协同单位资源优势而成的动态型、国际化、可持续的创新型研究中心。协同创新体内部的协同机制是利用辽宁师范大学在历史学、文献学研究领域的学科优长以及历史学一级学科博士学位授权点的学科平台，整合中国社会科学院考古所等单位在红山文化考古学研究方面的学科优势，借助香港中文大学中国考古艺术研究中心等单位在文物学研究方面的强势地位，依托以朝阳市、赤峰市人民政府为代表的地方政府在研究资料和应用基地方面不可替代的资源环境，构筑起在学科建设、人才培养、科研提升、成果应用等方面资源互享、优势互补的新型协同创新发展平台。

中心的发展目标是以辽宁和内蒙古红山文化遗址群联合申报世界文化遗产为契机，为辽宁省和内蒙古自治区联合以红山文化遗址群申报世界文化遗产提供理论支撑和政策依据；形成有利于解决国家重大需求的环境氛围，建立起国内一流的区域史研究学术平台，提升国家文化软实力；构建和强化红山文化与中华文明对外表达的话语体系。