Pre One:2011年12月 — 2012年12月: 牙菌斑菌群宏基因组研究技术的开发(经费60万人民币)。宝洁(P&G)公司,横向项目。项目共同负责人。
Next One:2010年12月 — 2012年11月: 小球藻Chlorella pyrenoidosa基因组和转录组学研究(经费45万人民币)。国家重点基础研究发展计划(973计划)子课题(973项目名称:微藻能源规模化制备的科学基础(2011CB200900))。课题负责人,主要负责功能基因组的生物信息学分析。