生物工程专业是工科专业，以培养工程应用、产业化人才为主。授予工学学士。通过各种教育教学活动培养德、智、体、美全面发展，具有健全的人格、正确的世界观、人生观和价值观，具备良好的人文社科基础知识和人文修养。具备生物学与工程学基本知识、掌握生物产品大规模制造的科学原理，熟悉生物加工过程流程与工程设计等基础理论和技能，能在生物工程领域从事设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发的高素质专门人才。

合肥工业大学生物工程专业设立于1998年，1999年正式招生。目前专业所在学院现有实验室和科研基地总面积约15000平方米，仪器设备价值近8000万元。建有农产品生物化工教育部工程研究中心、安徽省农产品精深加工重点实验室等省部级科研平台12个。本专业依托的“食品科学与工程”学科处于国内同类学科的先进行列，是国家“211”工程重点建设学科，设有一级学科博士点及博士后科研流动站。

本专业从国家和地方对生物工程领域的人才需求出发，结合合肥工业大学在机电化工等方面的工科优势，经过十多年的建设与发展，逐步形成了“生物科学基础厚、工程实现能力强、校企科研结合好、学科支撑条件优”的专业办学特色和鲜明的学科工程化特色。