学校研究生教育经过40多年的发展，主动对接国家和区域战略需求，现已拥有博士学位授予权一级学科6个（基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学），博士专业学位授予权学科3个（临床医学博士、口腔医学博士、医学技术博士）；硕士学位授予权一级学科9个（心理学、生物学、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学、公共管理学）；硕士专业学位授予权学科10个（应用心理硕士、社会工作硕士、生物与医药硕士、临床医学硕士、口腔医学硕士、公共卫生硕士、护理硕士、药学硕士、公共管理硕士、医学技术硕士）。
学校除招收全日制（三年制）博硕士研究生外，还具有招收“5+3”一体化、本科直博生、非全日制硕士研究生，接收同等学力人员申请硕士学位、在职医师攻读临床医学和口腔医学博士专业学位（简称“在职博士”）、面向港澳台招收硕士研究生以及招收海外留学研究生的资格，并不断拓展与国外、省外高等级医院和科研院所开展联合培养研究生工作，形成了多种形式、多条渠道培养研究生的新格局。目前学校在读全日制博士研究生849人，全日制硕士研究生5550人，非全日制硕士研究生14人，在职医师攻读临床医学和口腔医学博士专业学位人员1550人，同等学力申请硕士学位人员3885人。
学校坚持落实导师立德树人根本任务，不断加强导师队伍建设。形成了一支包括国内外知名高校引进人才、特聘教授和集福建省优秀医学人才在内的高水平导师队伍，现有博士生导师391人，硕士生导师2368人。
学校拥有附属协和医院、附属第一医院、附属第二医院、附属口腔医院等4所直属附属医院。拥有协和临床医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、妇儿临床医学院、肿瘤临床医学院、宁德临床医学院等8所临床医学院。在福建省设有非直属附属医院10所，临床教学医院28所，非直属附属疾控中心3个，研究生培养基地56个，形成了比较完善的临床教学与实践教学基地网络，有效保障了研究生临床实践教学的需要。
研究生院下设院研究生招生办公室、学生培养办公室、学位管理办公室、质量督导与在职教育办公室等职能科室，负责全日制研究生、同等学力硕士、在职博士的招生、培养、学位和在职学生的日常教育、管理和服务工作。
研究生院秉承“勤奋、严谨、求实、创新”的校训，坚持育人为本，不断更新教育观念，改革人才培养模式，优化学位点布局，提高研究生培养质量，促进学校办学水平和核心竞争力的提升。（以上数据截至2024年10月）