信息中心2006年4月25日成立，2009年12月15日确定为正处级机构（闽医大〔2009〕382号），不再与图书馆合署办公。中心是学校信息化建设，维护和管理的组织机构。现有工作人员13人。主任1名，副主任1名，高级职称3人，中级职称3人，其中正编8人，人才派遣5人。工作人员全部本科以上学历，硕士学位6人。主要职能是:

负责组织落实信息化校园的总体规划和各项子规划及技术支持；

负责学校“数据中心”的建设及运行维护管理；

负责学校信息化公共服务平台建设，运行维护管理并提供信息支持与保障；

负责校园网络及信息与网络安全系统的建设，运行维护管理；

负责校园网络出口建设和管理，确保与教育科研网(CERNET)及互联网连接畅通；

负责校园卡系统建设和运维管理；

负责校园网站、域名系统、邮件系统等系统软件的运行维护管理；

负责联络、协调运营商在校园开展通讯、视频、网络等业务活动，做好统筹管理等。