学院围绕学科建设，以重大项目为龙头，以横向课题为特色，以联合攻关为形式，以科研实验技术平台建设发挥牵引力，扎根于学科群的建设与人才梯队的培育工作，全力提升科研综合实力，持续推进科研水平迈向新高度，积极贯彻党和国家在科技创新与学科发展方面的方针要求，不断为实现科技强国、人才强国战略贡献力量。自上世纪80年代以来，先后主持国家及福建省“八五”科技攻关课题、教育部科技项目基金、国家、省自然科学基金等重点项目。近五年来，学院共承担国家、省（部）、厅级等科研课题200多项，科研经费6000余万元，人均科研经费居全校前列，获省（部）、厅级科技成果奖近10项，以福建医科大学为第一单位发表科研论文570余篇，其中SCI收录近450篇。