1994年，赵进东回国，入职北京大学生命科学学院，任副教授。为国育才是赵进东学成报国最朴素的初心，所以赵进东坚持每年为本科大一新生授课，迄今已有三十年时间。在回国后的短短几年里，他新开研究生、本科生“植物生理学”“光合作用”等三门课程，并和同事一起最先将分子生物学内容引入本科的实验教学，获得教育部教学一等奖。

作为教育部生物学教学指导委员会现任主任，赵进东说：“我们培养的学生中有不少是真正成才的人，我从来都不掩饰作为教师的那种自豪的感觉。”

家国之念 科学报国

1995年，赵进东获“国家自然科学基金委杰出青年科学基金”。

1998年，他在蓝藻分化和发育与分子机理研究方面取得一系列重大进展，其成果发表在国际著名学术期刊上，受到国际同行的高度关注和认同。

赵进东院士的科研团队在蓝藻水华方面的研究走在我国的最前沿，在国际蓝藻研究领域中，只要人们说到中国，就一定会想到赵进东研究团队。2008年，他主持了滇池、太湖等湖泊水质改善项目。他主管的西湖水质治理改善项目，经过多年的努力，生态修复取得很好的效果，多个湖泊水质明显改善，得到国家多个部门和地方政府的高度赞扬。

多年来，作为全国政协委员的赵进东一直关注着生态环境的保护和修复：2012年，提出长江流域应禁渔十年。2013年，建议把自然保护区管理条例升级为自然保护地法。2018年，呼吁设立独立机构评审转基因生物安全。2022年，建议在西藏建立国家公园，保护雅鲁藏布大生态环境。

赵进东院士表示，今后十年、二十年国家的生态环境怎么发展，作为学者是必须要思考的，这些国家的事就是自己的责任！